公開ツール (Software & Tools)

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研究活動の中で開発した、ケモインフォマティクスやデータ解析のためのソフトウェアを公開しています。

ecfp_cli (`ecfp-gen`)

SMILESからECFPフィンガープリントを高速・堅牢に一括生成するCLIツール

• 主な機能:
  • `ecfp-gen` CLIによる直感的な操作（`--input`, `--output`, `--radius`, `--bits`）。
  • マルチプロセス並列処理およびチャンクストリーミングによる大規模データの高速処理。
  • 脱塩処理（`--desalt`）の標準対応および分子標準化（`--standardize`）オプション。
  • ビットプレフィックスや0開始インデックスなどの柔軟なカラム命名設定。
  • 多段階構造化エラーログ（`.errors.tsv` / `.errors.csv`）による高透過な処理結果追跡。
• 活用実績: 日本薬学会第146年会でのポスター発表におけるデータ前処理に使用。
• リンク: [GitHub Repository] ｜ [Latest Release (v0.2.0)]

mordred_descriptor_calculator (`mordred-desc`)

SMILES表からMordred記述子・π共役系カスタム記述子を一括算出する堅牢な研究用CLIツール

• 主な機能:
  • `mordred-desc` CLIによる直感的な操作（`--input`, `--output`, `--only-2d`）。
  • 3D構造生成のシード固定とMMFF/UFF力場最適化による高い再現性。
  • π共役系の網羅的探索（Conjugation Features）を自動算出。
  • 多段階構造化エラーログ（`.errors.csv`）により失敗原因を透過的に記録。
• 活用実績: EUOS25 challenge 蛍光予測部門（優勝）での特徴量抽出に使用。
• リンク: [GitHub Repository] ｜ [Latest Release (v0.1.0)]

インストール方法 (General Installation)

各ツールは、リポジトリをクローン後に以下のコマンドでインストールして CLI コマンドとして使用できます（Python 3.10 推奨）。

git clone https://github.com/377H-Miru/[リポジトリ名].git
cd [リポジトリ名]
pip install -e .